现场核查是许可流程里的关键环节，核查人员会对照细则逐项核验生产条件。首先查看厂区环境，周边不能存在污染源，地面墙面便于清洗，排水设施完备，防止积水滋生微生物。生产车间入口的洗手、更衣、风淋等设施，需要能够正常投入使用，不能闲置或者形同虚设。原料库房、冷藏冷冻库是高频检查点位，库房分区存放，做好标识，温湿度记录完整。生产过程的关键控制记录、检验记录、留样记录，都需要真实可追溯。很多申请容易栽在记录空白、设备没有校准、防虫防鼠设施不足等细节上。
从业人员要掌握基础食品要求，持有有效健康证明。核查发现问题会出具整改意见，需要在规定时限内落实整改并反馈。未通过核查的，不能开展食品生产活动，擅自生产会面临相应处置。