预付款保函多用于工程发包场景，在甲方支付预付款之后出具，保障预付款能够按约定用于对应项目。如果申请人拿到款项之后没有履约、挪用资金，受益人可以凭保函发起索赔，追回预付款。保函金额通常与预付款金额匹配，有效期会覆盖预付款逐步扣回的整个周期。随着项目推进，预付款不断抵扣进度款，部分保函支持按进度递减保额，降低担保风险。
提交办理时，必须同步提供主合同、预付款相关约定。如果项目中途变更进度、付款节点，应当及时申请保函修改。预付款保函到期或者预付款全部抵扣完成，需要及时走注销流程。如果忘记注销，在有效期内依旧存在被索赔的可能性，带来潜在风险。