两类保函均为工程常用银行担保，但适用场景、担保标的、金额、失效条件存在本质差异。是担保目的不同，履约保函担保施工全过程履约行为，约束工期、质量、维保；预付款保函仅担保预付款资金合规使用，管控资金流向。
第二是担保金额标准不同，履约保函多为合同总价 5%-10%，金额固定或随竣工逐步递减；预付款保函金额完全等同于预付工程款，会随进度扣款同步递减。第三是生效与终止节点不同，履约保函自项目开工生效，有效期覆盖施工期 + 缺陷责任期；预付款保函自预付款到账生效，预付款全部扣完即可终止。
第四是索赔触发条件区别，履约保函索赔事由包含质量缺陷、工期违约、擅自解约；预付款保函索赔挪用预付款、拒不开展施工。实务中两个保函通常同步办理，承包人需分别缴纳担保手续费，授信额度分开占用。项目竣工结算完成后，履约保函需待质保期满注销，预付款保函可提前办结，二者不可相互替代。