文书档案盒与科技档案盒在用途、结构、规格上差异明显，需分类选用。文书档案盒针对公文、综合管理文件，尺寸紧凑，厚度以 20—40mm 为主，栏目侧重年度、机构、保管期限，以 “件” 管理，适合机关单位日常公文归档。科技档案盒面向工程、科研、设备、基建资料，尺寸更大、厚度多为 50—60mm，盒体更坚固，栏目包含项目、图号、专业、密级，以 “卷” 管理，可容纳大幅面图纸与厚重技术材料。
两者均必须使用无酸纸制作，确保长期保存。文书档案盒强调规整、便捷、易检索；科技档案盒强调强度、容量、保护性。单位档案室应按档案门类分别配备，避免混用导致整理不规范、档案受损。