车辆负载效率较低。在规划电商配送路径时，要考虑客户所在位置、送达时间要求、食品的保鲜期限等问题，导致车辆负载数量安排不平衡，一部分车辆负载率较低。科学合理的配送路径规划，增加配送车辆的使用率。
生鲜产品质量难以保证。在生鲜产品同城配送的过程中，产品每天配载一次，车辆每天出车一次，同一订单批次产品早上配装完毕根据客户位置分布，规划路线进行配送。有些客户要求晚上送达，时间差导致部分产品暂时存放在车辆储藏箱内，很多生鲜产品易烂、易腐等特性，经过的等待与运输，配送至客户手中时，往往这一部分产品不再新鲜达不到客户的要求，无法满足客户致使客户流失。
生鲜电商产品的市场主要针对城市居民，线上产品展示、订购与线下客户发展、物流设施设备支撑相结合，开发生鲜产品的销售渠道。针对生鲜产品同城物流配送的问题，一种新的O2O模式受到相关专业人士的认可与重视。O2O模式主要针对以加入网站社区的消费者为对象，包括网站团购模式、扫描二维码模式、线上线下同步进行模式及营销推广模式，很好地解决同城物流配送成本高、客户开发难、产品货损率高等问题。
生鲜电商近年备受资本和市场青睐，不断涌出，生鲜网络零售额快速增长。由于生鲜电商产品冷链运输比例远高于初级农产品整体平均水平，这将是带动总体冷链率上升的关键因素，生鲜电商需求也将支撑冷链物流市场的增长下限。