农民工工资保证金的收取程序是：本市注册的二级以上施工总承包企业、一级专业承包企业和外地进津建筑业企业由市施工队伍管理站统一收取；然后企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》。
《建设领域农民工工资支付管理暂行办法》第十五条
企业应按有关规定缴纳工资保障金，存入当地政府指定的专户，用于垫付拖欠的农民工工资。
《保障农民工工资支付条例》第三十二条
施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。
工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。
工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。